Seurat 标准流程到拟时序、细胞通讯、转录因子调控的单细胞分析
Seurat 标准流程:QC、归一化、PCA、UMAP/tSNE、聚类
SingleR / CellMarker / 手动注释三选一
Monocle3 / Slingshot 轨迹推断 + 动态基因
CellChat 配体-受体互作 + 通路富集
pySCENIC 流程:regulon 识别 + AUCell 评分
cluster marker FindAllMarkers + 功能富集